VirusScan Enterprise защищает компьютер от потенциально нежелательных программ, которые навязываются пользователю или представляют угрозу безопасности. В системе уже настроена одна из наиболее распространенных политик нежелательных программ, однако эту политику можно включать или выключать, а также задавать действия для каждого сканера VirusScan Enterprise в индивидуальном порядке.

Потенциально нежелательные программы определяются как программное обеспечение, записанное правомочными компаниями, которые могут изменять состояние безопасности или политику конфиденциальности компьютера, на котором это программное обеспечение установлено. Данное программное обеспечение может включать шпионские программы, программы для показа рекламы и набиратели номера, а может и не включать. Такие внедренные потенциально нежелательные программы могут быть загружены вместе с действительно необходимой программой. Пользователи, которые заботятся о безопасности своих систем, распознают такие программы и в некоторых случаях удаляют их.