Program VirusScan Enterprise chroni komputer przed potencjalnie niepożądanymi programami, które są kłopotliwe lub niebezpieczne. Skonfigurowana jest jedna, wspólna zasada dotycząca niepożądanych programów, lecz możliwe jest jej włączenie lub wyłączenie oraz określenie działań osobno dla każdego skanera programu VirusScan Enterprise.

Terminem potencjalnie niepożądane programy (PUP) określa się napisane przez legalne firmy oprogramowanie mogące zmienić stan bezpieczeństwa lub zasady prywatności komputera, na którym zostało zainstalowane. To oprogramowanie może zawierać (choć niekoniecznie zawiera) oprogramowanie szpiegujące, reklamowe lub dialery. Osadzone programy PUP mogą być pobrane wraz z programem użytecznym dla użytkownika. Użytkownicy dbający o bezpieczeństwo potrafią rozpoznać takie programy, a w niektórych przypadkach również je usunąć.