VirusScan Enterprise protege a su equipo de los programas potencialmente no deseados que suponen una molestia o un riesgo para la seguridad. Hay configurada una directiva sobre programas no deseados habituales, pero puede activar o desactivar de forma individual la directiva y especificar acciones para cada uno de los analizadores de VirusScan Enterprise.

Los programas potencialmente no deseados (PUP) se definen como aquellos programas de software que han desarrollado compañías legítimas y que pueden alterar el estado de seguridad o la directiva de privacidad del equipo en el que se encuentran instalados. Este software puede incluir, aunque no necesariamente, spyware, adware y marcadores. Estos programas PUP incrustados se pueden descargar con un programa que el usuario desea obtener. Los usuarios preocupados por la seguridad reconocen este tipo de programas y, en algunos casos, los eliminan.